L’EMF est organisée en quatre sections.
Trois sections professionnelles - eikonEMF, ergonEMF, logusEMF - proposent des formations professionnelles initiales du niveau Secondaire II, ainsi que des cours préparatoires complémentaires. Une section "transversale" - scolaEMF - assure l'enseignement des branches de culture générale (eCG) selon les exigences fédérales des Ordonnances de formation professionnelle initiale ou les cours de maturité professionnelle, sous forme intégrée à l'apprentissage (MP1).
Les formations professionnelles initiales ont une durée normale de quatre ans. Elles aboutissent à l'obtention du Certificat fédéral de capacité (CFC) dans la profession apprise. La plupart des élèves préparent toutefois simultanément la maturité professionnelle, en suivant les cours MP1 qui sont organisés sur les trois premières années de la formation.
La durée du parcours d'apprentissage peut être réduite à trois ans, en cours d'apprentissage, pour des apprenti-e-s présentant de bonnes dispositions, de fortes capacités et satisfaisant à des critères évalués après 2 ans de formation. Ce raccourcissement n'est possible que pour des apprenti-e-s en régime MP1.
La section eikonEMF propose une formation professionnelle initiale et une formation préparatoire :
- cours préparatoire en communication visuelle
- concepteur en multimédia CFC / conceptrice en multimédia CFC (2 filières, formation normale en 4 ans ou formation rapide en 3ans sans MP pour porteur d'une première formation CFC/MG/ECG)
La section ergonEMF propose trois formations professionnelles initiales :
- automaticien CFC / automaticienne CFC
- électronicien CFC / électronicienne CFC
- polymécanicien CFC / polymécanicienne CFC
La section logusEMF propose une formation professionnelle initiale :
- informaticien CFC / informaticienne CFC (2 filières parallèles)
La section scolaEMF propose également les cours de maturité professionnelle technique sous forme "post-apprentissage" (MPT2), à plein temps sur une année, pour des porteurs de CFC. De tels cours sont proposés dans les langues française et allemande pour des possesseurs de CFC dans nombre de domaines différents.
La maturité professionnelle fédérale atteste l'aptitude de son titulaire à suivre des études dans une haute école spécialisée. Avec le CFC, elle ouvre l'accès sans examen au même domaine dans une Haute Ecole Spécialisée (HES/HEAA).